Hasta el año 1796, los vecinos de San Miguel de Abona acudían a la iglesia parroquial de San Pedro, en el municipio vecino de Vilaflor. Dicha circunstancia obligaba a que tuvieran que recorrer un camino largo y en malas condiciones cada vez que necesitaban enterrar a un familiar o recibir los sacramentos; ya que en la ermita existente solamente se podía oír misa.
Por este motivo, los vecinos de San Miguel de Abona solicitaron al Obispado disponer de una parroquia propia, y fue el obispo Antonio Tavira y Almazán quien accede a sus peticiones en 1795; será el 19 de marzo de 1796 cuando el pueblo de San Miguel de Abona logra su objetivo.
Pero aún así el pueblo se revela, puesto que resultaba insuficiente satisfacer las necesidades de la población con una parroquia que ya era independiente, así que se emprenden las obras de ampliación del templo. Hacia 1821 quedaba delimitado el espacio de la plaza de la iglesia, por donde pasaba el camino real; y en 1824 estaba en construcción la cubierta o cañón del templo. Entre 1820 y 1845 se terminan el tabernáculo, las vidrieras, cuatro retablos del cuerpo de la iglesia, los dos tronitos para los dos altares portátiles del altar mayor y dos pilas de agua bendita. Quedaban en ese momento pendientes de terminar el atrio, la pavimentación de la iglesia, el coro, la pila bautismal y el campanario (torre vieja). Hacia 1842, se termina las dos sacristías, la nave principal y la torre, para la que se trae una campana del Puerto de La Orotava.
La inauguración del nuevo templo se realiza en 1874, aunque se prosiguen las obras en los años posteriores: entre 1880 y 1890 se termina el coro, la pila bautismal y la escalera de la torre, y entre 1916 y 1922 se acometió el traslado de la pila bautismal y la instalación eléctrica, que costó 42,57 pesetas; en 1953 se reformó el frontis de la iglesia y se comenzó a construir la torre nueva, de aire regionalista, mientras que en 1963 se añade un pasillo y una escalinata de acceso a la sacristía, adquiriendo el aspecto con que la conocemos actualmente. Se trata pues de una parroquia que presenta los rasgos típicos de los templos de barroco canario tardío, uso de materiales autóctonos en su construcción y un planeamiento sencillo en su distribución, con una sola nave principal a la que se abren las capillas laterales.
En cuanto a las imágenes, desde su origen ha destacado la presencia de San Miguel Arcángel, patrón del municipio, de San José y de Nuestra Señora de La Concepción.; además de un Santo Cristo, una Dolorosa y un San Juan Evangelista que formaban conjunto, un San Antonio de Padua, una Virgen del Rosario, un Nazareno, un San Francisco, un San Juan Nepomuceno y un San Roque y una Virgen de la Caridad, entre otras.
